In agricoltura biologica e biodinamica la conduzione degli allevamenti è soggetta a una rigida regolamentazione finalizzata al benessere animale. Negli allevamenti, gli animali godono di maggiore libertà di movimento e della possibilità di soddisfare le loro esigenze comportamentali. Un'altra differenza sostanziale riguarda l'alimentazione la cura delle malattie.

Foraggi e mangimi debbono essere di provenienza biologica e privi di organismi geneticamente modificati, additi e coadiuvanti tecnologici. La scelta di razze o specie locali, o adatte all'ambiente locale, anziché quelle ad elevato rendimento è un altro modo per prevenire malattie e disturbi. E quando un animale si ammala o si ferisce, vengono utilizzati rimedi fisioterapici o omeopatici.

Negli allevamenti biologici e biodinamici, i farmaci convenzionali, come gli antibiotici, vengono somministrati solo in caso dii necessità e sono rigorosamente controllati.